สำหรับชื่อตลาดเข้าใจว่าเดิมมีชื่อเดียวกันคือตลาดทรัพย์สินส่วนพระมหากษัตริย์เพื่อให้ผู้มาซื้อจำได้ จึงเรียกเป็นชื่อ “ตลาดบน” และ “ตลาดล่าง” โดยฝั่งขวาเรียกว่า “ตลาดบน” ฝั่งซ้ายเรียกว่า “ตลาดล่าง” (ยืนจากคลองเจดีย์บูชาหันหน้าเข้าหาพระร่วงโรจนฤทธิ์) ซึ่งหลักการในการเรียกชื่อตลาดว่า “ตลาดบน” และ “ตลาดล่าง” นี้ มีผู้รู้กล่าวว่าเรียกจากหลักการไหลของน้ำที่ไหลจากที่สูงลงสู่ที่ต่ำ กล่าวคือ คลองเจดีย์บูชามีลักษณะเป็นคู่ขนานกับตลาด จึงดูจากการไหลของน้ำในคลองเจดีย์บูชา ตลาดที่อยู่ต้นน้ำจึงเรียกว่า “ตลาดบน” ส่วนตลาดที่อยู่ปลายน้ำเรียกว่า “ตลาดล่าง”

               ในสมัยอดีตผู้มาซื้อของต้องหาบกระบุงและเดินมาตลาดได้อย่างเดียว และมีของวางขายน้อย ใครจะมาขายอะไรก็ได้ สักประมาณบ่ายโมงก็เลิกขาย ส่วนตลาดผ้าเพิ่งมีขายได้ประมาณ ๔๐ ปี ช่วงที่พบว่าตลาดนครปฐมรุ่งเรืองสูงสุดคือช่วงปี พ.ศ.2525 หรือประมาณ 20 ปีมาแล้ว โดยของจะขายดีมากช่วงงานเทศกาลองค์พระปฐมเจดีย์ เพราะคนแต่ก่อนเมื่อมานมัสการองค์พระปฐมเจดีย์แล้วจะไม่มีรถกลับ ต้องอาศัยนอนตามองค์พระปฐมเจดีย์และตามร้านค้า ทำให้ร้านค้าสามารถขายของได้เกือบตลอดทั้งวันทั้งคืน
ผู้มาค้าขายในระยะแรกคือผู้ที่มาขอเช่าบ้านของทรัพย์สินส่วนพระมหากษัตริย์และขายของไปด้วย ต่อมาได้ขยายจุดขายเพิ่มขึ้นโดยจับจองแผงในตลาดซึ่งมีว่างอยู่มากและยึดอาชีพเดิมที่บรรพบุรุษทำ แต่อาชีพนี้กำลังจะหมดไปเพราะทายาทไม่ประสงค์ทำอาชีพนี้ต่อ เนื่องจากสภาพการค้าขายไม่ดี ผักที่เคยขายได้จะมีผลกระทบมาก โดยเฉพาะในช่วงเทศกาลอาหารและผลไม้ ตลาดผ้ามีผู้ขายเพิ่มขึ้น สังเกตพบว่ามีพ่อค้าคนกลาง (Seller) มากขึ้น ในด้านผู้ซื้อ พบว่าผู้ที่เคยซื้อประจำรุ่นแรกๆ เลิกมาเพราะเดินทางมาไม่ไหวหรืออาจเสียชีวิตไปแล้ว ส่วนเด็กรุ่นใหม่ชอบไปตามศูนย์การค้าและห้างสรรพสินค้าและตลาดนัดมากกว่าตลาด
จึงดูเหมือนสภาพตลาดที่เคยมีในอดีตกำลังจะสูญไป หากสำรวจดูจะพบว่าหลายร้านได้ปิดไปแล้วเพราะไม่มีทายาทสืบต่อ อย่างไรก็ตามยังมีร้านที่อยู่รอบนอกของตลาดอีกหลายร้านที่มีการตกแต่งห้องให้น่าเข้าไปใช้บริการ แต่ตอบไม่ได้ว่าร้านค้าที่จัดสวยงามกับร้านค้าแบบเดิมๆ ใครขายดีหรือไม่ดีกว่ากัน สำหรับการขายในสมัยก่อนจะขายดีมากในช่วงเทศกาลทั้งปีใหม่ตรุษจีน โดยเฉพาะตลาดผ้าจะขายดีมากในช่วงประเพณีสงกรานต์แม้ปัจจุบันก็ยังขายดีอยู่
เมื่อแรกทั้ง 2 ตลาดสร้างช่วง พ.ศ. 2441 – 2447 เป็นลักษณะอาคารสูงโปร่งเปิดโล่ง มุงหลังคาสังกะสี พื้นเป็นดินอัด (ภายหลังจึงเปลี่ยนมาเป็นพื้นซีเมนต์) ต่อมาได้ปรับปรุงให้สูงขึ้น โดยรอบตลาดก่อสร้างเป็นเรือนแถวไม้ ภายหลังได้รื้อแล้วสร้างเป็นตึกแถวโดยรอบ ตึกแถวส่วนใหญ่ที่ยังปรากฏในปัจจุบันจะมีปีที่สร้าง (พ.ศ.2500) ปรากฏในตัวตึกหลายแห่ง